Indiana Jones wird im Zuge der "McCarthy-Ära" bezichtig ein Kommunist zu sein, und soll deshalb als Professor vom Collage verbannt werden.
Vor dem Collage demonstrieren etliche Studenten für den Entzug des Lehrstuhles vom Professor Jones.
Im letzten Moment wird Indy von einem seiner Studenten, der sich als Sohn von Marion Ravenwood zu erkennen gibt, vor dem wütenden Mob per Motorrad gerettet.

Es geht um die Begriffe "Mu" und "El Dorado", welche im Film als ein und denselben Ort dargestellt werden.
Die Russen wollen diesen Ort unbedingt erreichen, um sich die dort zurückgelassenen jahrtausendealte außerirdische Technik für ihre Zwecke unter den Nagel zu reißen.
Darum entführen sie Indiana Jones, und pressen ihn in ihre Dienste, um schnell und erfolgreich ans Ziel zu kommen.

Marion startet indessen, zusammen mit ihrem Sohn und einem sehr guten alten südamerikanischen Freund, eine Rettungsaktion um Indy aus den Fängen der Sowjets zu befreien.

Die Kristallschädel dienen im Film lediglich als eine Art Schlüssel für den Zugang zur einer verlassenen unterirdischen Stadt, dessen Eingang sich in einer alten Mayapyramide befindet.

Innerhalb der unterirdischen Stadt befindet sich eine gigantische Wendeltreppe, die in die Tiefe ragt. Auf der Wendeltreppe soll auch "der größte Showdown aller Indy Filme" stattfinden.
Was sich am Ende der Wendeltreppe befindet wird allerdings nicht verraten.