Old Indy wurde entfernt, weil er Lucas nicht mehr "gefallen" hat (und das kann ich ihm ehrlich gesagt auch nicht verübeln - "Old Indy" wirkte wie ein seniler, alter, störrischer Greis). Das man Ford nicht rausgeschnitten hat, erklärt sich m.E. von selbst - sein Auftritt ist schließlich das einzige "echte" Bindeglied zu den Filmen.
Von einer geschnittenen Flanery-Einleitung ist mir nichts bekannt (gab es überhaupt "Prologe" mit ihm?) - was soll den da fehlen?

The 93-year-old Indy bookends for the original series were removed, as well as Sean Patrick Flanery's bookend for "Travels With Father". However, the Harrison Ford bookend, set in 1950, from "Mystery of The Blues" was not cut.