Der titelgebende „Wolkenatlas“ ist eine Metapher für die von Mensch zu Mensch wandernden Seelen. Ihre Wege und Routen zu kartografieren entspräche einem Atlas der Wolken. Damit lässt sich das Buch zwar als Geschichte mehrerer Menschen, aber nur einer Seele verstehen. Mitchell legt es einem seiner Charaktere in den Mund:

„Die Seelen wandern über die Zeit wie die Wolken über den Himmel“.